肝细胞癌是世界范围内死亡率排名第三的癌症，其中中国的肝癌发病率居世界之首。HBV（乙肝病*）的慢性感染是中国肝细胞癌发生的主要原因，其感染导致肿瘤微环境常伴随慢性炎症。免疫逃逸被认为是癌症发展的标志之一，目前研究表明，肿瘤存在多种免疫逃逸机制。日前，中国学者指出研究肿瘤微环境中不同免疫细胞状态的重要性，而不同类型的单细胞测序技术则是研究不同类型免疫细胞状态和动态的有力手段。
转录组分析可以研究人体组织的基因表达，它是一个有价值的工具，以表征肝功能，基因表达变化的肝脏疾病，识别预后标记或签名，并促进发现新的治疗靶点。与全组织RNA测序分析相比，单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学可以在单细胞或空间水平上研究转录活性。ScRNA-seq为发现正常和病变肝脏中先前未知的细胞类型和亚型，研究罕见细胞如肝祖细胞以及非实质细胞在慢性肝病和癌症中的功能作用铺平了道路。通过将空间信息添加到scRNA-seq数据，空间转录组学转变对组织功能和细胞间相互作用原生环境的理解。这些方法最近已被应用于肝脏研究肝细胞和非实质细胞的再生、组织和分工，并描绘慢性肝病和癌症的单细胞图景。这里我们回顾scRNA-seq和空间转录组学方法背后的原理和技术，突出这些方法已经取得的最新发现和新见解肝脏生理学和疾病生物学。
scRNA-seq工作流程的主要步骤和最常用技术的比较
单细胞RNA测序分析研究肝脏病理生理
一、单细胞分析揭示肝癌干细胞的异质性
英文题目：Singlecellanalysisrevealscancerstemcellheterogeneityinhepatocellularcarcinoma发表杂志：Hepatology影响因子：14.实验材料：（1）细胞系：流式分选HuH1/HuH7肝细胞群
（2）分选肝肿瘤细胞P1
实验方法：免疫荧光染色、流式分选、smart-seq、scRNA-seq（10x）研究背景
肝细胞癌(HCC)的肿瘤内分子异质性部分归因于肝癌干细胞(CSCs)的存在。由不同细胞表面标记物定义的不同CSC群体可能包含不同的致癌驱动因素，这给定义分子靶向治疗带来了挑战。在单细胞水平结合了肝癌细胞的转录组学和功能分析来评估CSC的异质性程度。本文提供的证据表明，肝CSCs在单细胞水平上具有表型、功能和转录异质性。我们发现不同的CSC亚群包含不同的分子特征。有趣的是，不同CSC亚群中的不同基因与肝癌预后独立相关，这表明不同的肝脏CSC转录组影响肿瘤内异质性和肿瘤进展。研究结论
本文为之前未被重视的CSC亚群的多样性提供了独特的视角，其分子异质性进一步强调了它们在肿瘤异质性、预后和肝脏CSC治疗中的作用。原文下载链接：